Монгол улсын Ерөнхий сайд Н.Алтанхуяг  шинэчилсэн засгийн бүтэцдээ хэд хэдэн өөрчлөлтийг хийж байгаагийн дотор Мэргэжлийн хяналтын ерөнхий газрыг татан буулгахаар төлөвлөөд байгаа аж. Хүнд суртал, авлигалын үүр уурхай болсон тус газрыг татан буулгах нь зөв хэмээн үзжээ. МХЕГ-ыг МАХН-ын дарга Н.Энхбаяр 2002 онд ерөнхий сайд байхдаа байгуулж байсан юм. Түүнээс өмнө яамд бүр салбар хариуцсан хяналтын мэргэжилтнүүдтэй байв. Тиймээс урьдын адил тус газрыг харъяа яамдад хариуцуулахаар болсон байна.